Con el Ministerio de Justicia hay que destacar la participación del Prof. Dr. Luis Arroyo Zapatero como miembro de la Comisión General de Codificación encargada del denominado Proyecto de Código penal 2007 que dio lugar a la reforma del Código Penal de 2010. Junto a ello, en 2008, nuestro instituto abordó la tarea de elaboración de un código de Derecho penal Europeo e Internacional por encargo del Ministerio de Justicia, ya referida en el apartado correspondiente a las publicaciones colectivas.
Con la empresa SIGNE se llevó a cabo el diseño del Master sobre seguridad documental junto con la Universidad Autónoma de Barcelona. Con SIGNE se mantiene a si mismo un activo marco de cooperación en el contexto del proyecto sobre Fraude de Identidad dirigido por el Prof. Dr. Adán Nieto Martín y el Prof. Dr. Luis Arroyo Zapatero.
Con la institución SIA (Sistemas Informáticos Abiertos), dedicada a ofrecer soluciones en el área de la Informática Empresarial, se ha prestado colaboración en el ámbito jurídico llevando a cabo el diseño de diferentes actividades en el ámbito académico.
En materia de responsabilidad penal de las personas jurídicas es destacable la colaboración con el Observatorio Penal Económico González Franco al igual que con la CEOE-CEPYME de Ciudad Real.
Con el Banco Santander y Universia se puso en marcha el Portal Iberoamericano de las Ciencias Penales.
Con el Ministerio de Justicia de Bolivia, varios investigadores del Instituto de Derecho penal Europeo e Internacional –destacadamente el Prof. Dr. Luis Arroyo Zapatero, el Prof. Dr. Adán Nieto Martín y con la colaboración de D. Matías Bailone – han participado en la elaboración de la Parte General del anteproyecto de reforma del Código Penal de la República de Bolivia, a petición de sus autoridades nacionales.